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Peter Petersen versteht die Schule als Arbeits - und Lebensgemeinschaft, als Schulgemeinde. Im Mittelpunkt soll nicht die Wissensvermittlung stehen, sondern die bewusste Entwicklung von Fähigkeiten und die Gestaltung der eigenen Kultur. Besonderen Wert legt er auf die schulische Selbstverwaltung. Hierbei werden auch die Eltern in großem Maße einbezogen. An seiner Jenaer Universitätsschule ist es den Eltern sogar gestattet, die Schule ohne Voranmeldung zu besuchen und auch am Unterricht anwesend zu sein. Der stark religiös geprägte Petersen hält sich an das Lukaswort "Der Größte unter euch soll sein wie der Jüngste und der Vornehmste wie ein Diener" (Lukas 22, Vers 25-26). Durch ihre Mitarbeit sollen die Eltern den Schülern beiseite stehen und insbesondere bei den häufigen Schulfeiern zur Gemeinschaft beitragen.
Petersen ist der Überzeugung, dass man das Bildungsgefälle zwischen leistungsstarken und schwachen Schülern produktiv nützen kann, wenn die Kinder voneinander lernen. Dafür ist es zunächst notwendig, dass jüngere und ältere Schüler zusammenkommen. Statt der altershomogenen Klasse gibt es in der Jena-Plan-Pädagogik nun altersgemischte "Stammgruppen". In jeder Gruppe sitzen drei verschiedene Jahrgänge und es gilt die Regel, dass die jüngeren Schüler zunächst die älteren Kameraden fragen, bevor sie sich an einen Lehrer wenden. Das Klassenzimmer soll dabei zur "Schulwohnstube" umgestaltet werden.
Besonders wichtig ist Petersen das Unterrichtsgespräch. Dabei werden nicht Vokabeln gepaukt, sondern Zusammenhänge vermittelt. In der heutigen pädagogischen Debatte würde man dies wohl einen "ganzheitlichen Ansatz" nennen. In Anlehnung an die von Georg Kerschensteiner entwickelte Arbeitsschulpädagogik versucht Petersen, die Eigenverantwortlichkeit des Kindes durch praktische Tätigkeiten zu stärken. Der starre Stundenplan erscheint dafür nicht geeignet und wird von Petersen als "Fetzenstundenplan" herabgewürdigt. An seine Stelle tritt ein von allen Beteiligten gemeinsam erstellter Wochenarbeitsplan. Das Spiel würdigt Petersen als wichtigen Teil der kindlichen Entwicklung und gibt ihm, anders als an der traditionellen "Paukschule" üblich, einen festen Platz innerhalb der Schulgemeinschaft. Als besonders stärkend für das Gemeinschaftsgefühl hebt Petersen Schulfeiern hervor und installiert ein abgestuftes Konzept von gemeinsamen Zusammenkünften interner und öffentlicher Feierstunden. Kleinere Feiern werden innerhalb der Stammgruppen durchgeführt. Religiöse Feste, Eingangs- und Entlassfeiern inszeniert die gesamten Schule mit Beteiligung der Eltern.